A qué se debe el flujo café espeso?

Tuve relaciones con mi novia sin protección el día 6 de enero aunque no eyacule dentro y el día 7 ella tomó la pastilla del día siguiente, hace una semana hizo una prueba de embarazo la cual salió negativa y hoy me dijo que le salió un poco de flujo café espeso al limpiarse cuando fue a orinar, se limpió por segunda vez y ya no le salió nada de flujo, además me dice que tienes unos cólicos leves, ¿a qué se debe esto? ¿Es un sangrado intermenstrual? ¿O viene siendo su menstruación? Ella no ha tenido síntomas de embarazo!