Fer,
En este caso para lograr un efectivo remove del malware en su pendrive o dispositivo extraible, lo ideal sería hacer un formateo de bajo nivel (low level format) del mencionado pendrive.
Para esto, deberá descargar y utilizar un conocido programa llamado HDD Low Level FormatTool que podrá encontrar en Google (es gratuito).
Conecte el pendrive y ejecute el programa. Elija el pendrive como el dispositivo y comience el formateo a bajo nivel. Una vez finalizado, retirelo y proceda a limpiar su máquina.
Para limpiar su maquina le recomiendo lo siguiente:
1. Descargue HitmanPro (trial gratuito)
2. Ejecute el programa y dele a "Next"
3. Elija que quiere escanear una vez su dispositivo (de otra manera querrá que active una licencia)
4. Comenzará el escaneo.
Al finalizar, elimine todas las amenazas que haya encontrado y proceda a reiniciar su sistema.
Para asegurarse que ningún archivo malicioso sigue en su ordenador, escanee su sistema con otra herramienta.
1. Descargue Zemana AntiMalware (visite la página, vaya a la sección Downloads/Descargas y descargue la versión portable que es gratuita)
2. El programa se actualizará. Dele a SCAN/ESCANEAR
Al finalizar elimine todas las amenazas encontradas y proceda a reiniciar su sistema.