Plazo de resolución de los procedimientos

Hace 4 semanas presenté la solicitud de residencia de larga duración en un registro público en Madrid (calle gran vía 3). Ahora intento consultar el estado del expediente poniendo mi NIE, fecha de presentación de solicitud y fecha de nacimiento y me sale este mensaje: "no se ha encontrado la información solicitada". He probado poniendo fechas de uno o dos días después y el resultado es igual.

Plazo de resolución de la solicitud: 3 meses contados a partir del día siguiente a la fecha en que haya tenido entrada en el registro del órgano competente para tramitarlas.

No entiendo muy bien esta frase. ¿Los 3 meses empiezan a contar cuando yo presento la solicitud en el registro público o cuando en la Oficina de Extranjería empiezan a tramitar la solicitud? En este caso, ¿cómo saber esta fecha o el número de expediente?