Descartes busca una verdad de la que no pueda dudar y la única que encuentra es que piensa. Luego si piensa, existe. A priori, no decide la forma en la que existe, simplemente asume que existe "de algún modo" como un ser que piensa.
En la meditación que mencionas, entiendo que trata precisamente de evidenciar la naturaleza, más que la existencia, de cada una de esas partes, de ahí el ejemplo de la cera. De hecho, Descartes entiende que las cosas se nos muestran tal y como son, no que seamos víctimas de un engaño. Sin embargo, debemos entender cada cosa en su justa medida y en su verdad y no dejarnos llevar solo por su aspecto. Hay "extensión" y hay "sustancia".
No es que sea más verdad la una que la otra. Lo relevante aquí es apreciar cuál de esas dos verdades tiene más que ver con la esencia de lo que somos. Con esto Descartes nos quiere poner sobre la pista de lo que verdaderamente importa y de lo que solo importa en apariencia.
Como seres de carne y hueso, nos ocurre como a la cera, adoptamos diferentes formas sin que por ello deje de parecer que somos humanos. Sin embargo, la verdad más importante es que por encima de seres de carne y hueso, somos seres que pensamos.
Teniendo claro que nuestra auténtica naturaleza es la razón, lo siguiente que hace Descartes es preguntarse por su origen. Las cualidades de la razón son tales, que Descartes concluye que solo otra razón puede haberla concebido y colocado en nosotros. De esto, deduce que la razón ha de existir como algo externo y en si mismo. Llegados a este punto, Lo único que puede asemejarse a la razón es Dios.
Descartes concede gran importancia al hecho de que el ser humano conozca (aunque no sea capaz de concebirlas), ideas que le son completamente ajenas, como el sentido de perfección, la eternidad y el infinito. Tales conceptos no son humanos ya que nada hay en el ser humano que tenga que ver con ellos, salvo que estén puestos en él, por obra de la perfección misma y de la razón misma, o sea Dios.
Como comentario personal, da también que pensar, considerar que podamos estar equivocados en cuanto a renunciar tan rápidamente a tales ideas, es decir, quizá somos eternos e infinitos, e incluso perfectos, solo que no hemos interpretado o llegado a comprender correctamente tales conceptos de la existencia para la vida en la que estamos.