En principio entiendo que todavía no se ha separado. Es mas que obvio que al separarse se cambien de domicilio y no vivan juntos... La hija mayor de edad no tiene problema alguno pero el menor ya cambia un poco. En el convenio regulador que hagan o consigan, (sea divorcio de mutuo acuerdo o un contecioso, que es aquel en que se enfrentarán y será el juez quién decida las condiciones), por lo general le dará como por poco unas horas y días de visita al padre sobre el menor.
Podrían llegar a un acuerdo como algo recomendable. Por otro lado nadie le impide volver a su población natal, pero tenga en cuenta que si afecta a las visitas al menor por la lejanía de su población y el lugar de residencia y trabajo de su marido..., este podrá al menos "patalear" respecto al alejamiento y solicitar modificaciones respecto a ese domicilio, (lo consiga o no, claro).
Si la distancia no es mucha, puede que no tenga problemas. No obstante y valore la posibilidad y si cree que su marido aceptaría, el acuerdo mutuo, cediendo por ambas partes y evitar el golpe al niño y al padre. El hecho de irse como tal, sería de ver..., porque si le dan el derecho de verlo dos días en semana, podría su ex para entonces el solicitar modificaciones que a juicio del juez nunca se saben los resultados. Puede que le fuercen a aguantarse y conducir mucho, que le pidan a ud que no cambie de localidad, (cosa que ..., no creo), o buscarles un punto intermedio de encuentro..., o extenderle la convivencia en vacaciones escolares por las semanales.
Ud, verá la distancia. Poder puede, pero el derecho al "pataleo" su marido lo tendría..., y también la de que se cambiara.