A ver si te entiendo: poniendo la sonda en el patrón de calibración tu aparato de control de PH fluctúa y registra el valor correcto de dicho patrón (p.e. 7,0), por lo que la calibración se hace correctamente, pero después de lavar la sonda e intoducirla en su intentar de medida resulta que el controlaor de PH da el mismo resultado que la solución patrón cuando debería de reflejar otra cantidad, pues has medido el PH de forma manual y da diferente de lo que el controlador de PH indica. ¿Esto es así?
El set point es el nivel de PH que tu quieres mantener en tu piscina y la calibración sirve para que el controlador tenga referencia clara de cual es un nivel determinado de PH para así hacer las lecturas correctamente, comparando precisamente la lectura con la lectura patrón (calibración) que tu has hecho. No debes confundir una cosa con la otra. A través del set poit (punto de referencia) tu medidor de PH actuaria sobre las bombas peristalticas respectivas para echar PH+ o PH- según refleje la medida (normalmente en una piscina clorada seria PH- pues el hipoclorito sódico tiende a hacer subir el PH).
Has probado, después de la calibración, a medir tambien el PH del agua de la piscina fuera, ¿en un vaso o caldero? También puedes realizar esa medida con agua del grifo y ver si el medidor fluctua.
En todo caso, sube unas fotos de tu instalación, para ver si tienes bien instalado el colector de la sonda de PH.