Puntitos rojos en la boca (en las mejillas )

La verdad es que podrían ser diferentes cosas. Pero lo más probable es que sea un eritema traumático, es decir al morder se forman pequeñas petequias. Ahora, si estos puntitos fueran más bien en placa, o se desprendieran al raspado podríamos estar hablando de otras patologías que requieren atención lo antes posible.
El tema es que las lesiones traumáticas suelen remitir de manera "rápida" por lo que si llevas tres meses te aconsejo que vayas a un odontólogo para que haga un diagnóstico. Si no te parece la opinión de un odontólogo general, puedes consultar con un especialista en patología.

Suerte!