¿Como ejecutar función de javascript sin que el sistema este abierto?

Tengo una función en javascript que compara registros por medio de ajax y php de una base de datos en phpmyadmin, la base de datos se alimenta mediante aplicaciones móviles que registran datos según un lapso de tiempo programado, la función en javascript es parte de un panel de un sistema web donde se visualizan los registros del levantamiento y los procesa para crear reportes y dar seguimiento, por ahora solo he podido he podido ejecutar la función mientras el sistema este abierto pero si el sistema no se abre esa función no se ejecuta y el procesamiento no se realiza, ¿Qué puedo hacer para que la función en javascript o en php para que se ejecute internamente sin que se abra el sistema? A fin de que no importa el momento en que un usuario quiera consultar el seguimiento, cuando se abra el sistema ya se tenga ese registro y calculo que la función realiza.