¿Como soluciono problema con afiliación SS?

Hace 20 años fuí militar de empleo durante 3 años, desde el año 97 hasta 2000, durante esos años, cotizaba en ISFAS, después volví a trabajar cotizando en el régimen general de la seguridad social y sigo así actualmente, el problema que tengo es que, cada vez que mi hija menor (que es beneficiaria mía) o yo mismo vamos al médico, nos encontramos con que el sistema informático de la seguridad social no me reconoce como afiliado, sino que me reconoce como afiliado de ISFAS, por lo tanto, el médico no puede hacerme recetas, ni mandarme a un especialista, ni un parte de baja... Nada de nada,.

Cada vez que me encuentro con este problema, voy a las oficinas de la seguridad social, explico el caso, aporto documentación, y se supone que solucionan el error, y durante un tiempo, no vuelvo a tener ese problema, pero cuando menos me lo espero... Un buen día voy al médico y... Otra vez vuelvo a aparecer como afiliado a isfas y... Vuelta a empezar con gestiones etc.

Y mi pregunta es la siguiente: ¿Cuál es la manera apropiada de gestionar este asunto, y solucionarlo definitivamente?