A ver si soy capaz de explicarlo un poco, aunque no me resulta fácil.
El módulo de clase clBotones puede considerarse el plano con el que construiremos "nuestros" togglebuttons, que en este caso están denominados "Botones". Como cada uno de estos "Botones" está declarado con eventos (el "WithEvents" en la sección de declaraciones del módulo de clase), cada uno "hereda" los eventos de los togglebuttons.
En la sección de declaraciones del formulario se declara una matriz que contendrá a "nuestros" togglebuttons, con tantos elementos como botones de alternar haya en el formulario (en el ejemplo son 15). Los elementos de esta matriz no harán referencia a los 15 togglebuttons del formulario en sí, sino a la "copia" que crearemos de cada uno de ellos usando como plano el módulo de clase (de ahí el "As New clBotones")
El código del evento Initialize del formulario se encarga de ir creando las (en el caso del ejemplo) 15 copias de la clase clBotones, vinculando a cada uno de ellos con cada uno de los togglebuttons del formulario. Esto lo hace la instrucción
Set clBotones(bContador).Botones = Me.Controls(ctrl.Name)
Ahora que tenemos almacenados los 15 togglebuttons del userform en la matriz clBotones, cada vez que se desencadena el evento Click de uno de ellos se ejecutan tanto el código del evento Click de dicho botón de alternar que pueda haber en el código del formulario (en el ejemplo no lo hay, pero si lo hubiera se ejecutaría de forma normal y prioritaria) como el código del evento Click en el módulo de clase. Esto nos permite que el código escrito para dicho evento en el módulo de clase valga para todos los togglebuttons almacenados en la matriz clBotones.
Saludos_