Lo mejor seria realizar una prueba de presión a los distintos circuitos de circulación, para lo que seguramente tendrías que contactar con un profesional de fontanería o de piscinas.
En defecto de esto tendrías que probar en que circuito puede estar el problema. Primero habría que revisar que todas las tomas estén bien apretadas y sin fugas así como la tapa del filtro y llave selectora. Ahora cierra el ramal de skimmer y barrefondo (este ultimo si tuvieras) y deja solo abierto el circuito de fondo. Ceba bien la bomba y el filtro y pon luego a funcionar el sistema en modo filtración durante un rato. Verifica en el manómetro si vas perdiendo presión o si el prefiltro de la bomba se va vaciando sin llenarse bien. Repite esta misma operación pero ahora cierra el ramal de fondo y deja solo abierto el de skimmer. Comprueba igualmente la presión del manómetro y el prefiltro de la bomba.
Si en ambos casos registras perdida de presión es bastante probable que el problema lo tengas en las tuberías de impulsion/retorno si ya hemos descartado cualquier fuga del filtro y llave selectora (tapa y juntas).
Si solo se da la perdida en uno de los casos indicados, la probabilidad de fallo se trasladaría a la tubería de absorción correspondiente, es decir, al ramal de skimmer o al ramal de fondo, segun donde hayas detectado la bajada de presión.
Lo dicho, sin una prueba de presión que nos permita descartar posibilidades y detectar donde pueda estar el fallo, es bastante difícil poder darte más ayuda (salvo que sea muy evidente la fuga). No se la antigüedad de tu instalación de tuberías y si la misma se ha realizado con tubería flexible o rígida de pvc, pues dicha antigüedad y el propio desgaste de las tuberías (más acentuado en las flexibles) puede ser el origen del problema.