Para funcionar con filtración puedes hacerlo, de momento, solo con el sumidero. La circulación del agua hacia el filtro funciona tanto en el ramal del skimmer como en el del sumidero, por lo que filtración del agua vas a tener, al menos hasta que repares la avería en el ramal del skimmer.
El problema de detectar la tubería es saber su recorrido y profundidad, sobre todo si no tienes un plano correcto de ubicación de las mismas. Puedes empezar a descubrir la tubería por la zona del skimmer y, desde ahí, procurar seguir descubriendo la misma. Para saber donde esta el trapo podrías pasar una guía o alambre por la tubería para luego poder medir la distancia que hay, a fin de poder realizar la reparación en el sitio más exacto posible.