Planta baja reformada para vivienda que consta como almacén en escrituras

Resulta que me surgió la posibilidad de comprar una casa reformada hace cuatro años constituida por tres plantas. La primera planta de la casa, a la que accedes directamente de la calle, consta de salón cocina, baño y salida a un pequeño patio exterior, todo reformado. La segunda planta consta de 4 habitaciones y un baño. La tercera planta es un bajo cubierta con tejado totalmente reformado que puede servir de buhardilla. El problema que veo es que en las escrituras la primera y la tercera planta (o bajo cubierta) aparecen como almacenes, y solo como vivienda la segunda planta. Supongo que esto me puede dar problemas a la hora de solicitar la hipoteca, así como otros problemas en el futuro (tema licencias, ayuntamiento, etc.). ¿Qué pasos se deberían realizar para legalizar todo correctamente y hacer una compra segura?

Nota: el vendedor es una persona de total confianza que ha heredado la casa de su madre y es consciente de que las reformas posiblemente no se hayan hecho de la forma adecuada. Quiere hacer los trámites necesarios para legalizar todo y poder venderme a mí la casa sin que surjan problemas e imprevistos.