Piedra en fachada

Entiendo perfectamente la pregunta. Ahora bien, ¿qué tipo de respuesta quieres? Me explico:
Tu no querías que las ventanas quedaran enmarcadas con la típica piedra en esquina, formando el hueco. ¿Entonces cuál es el problema? Lo más importante a la hora de hacerse la casa es que quede como a uno le gusta, sin importar lo que piensen los otros. Es un error muy común dejarse influenciar por demasiadas personas a la hora de tomar decisiones que afectan al lugar en el que vamos a vivir.
Después de un poco de filosofía arquitectónica, te respondo de una manera más práctica (que no quiero que pienses que rehuyo la pregunta). La estética de la piedra en fachada es muy diversa. Hay acabados de piedra más tradicionales y otros más modernos.
¿Qué tipo de acabado le darás a la piedra? ¿Liso? ¿Rugoso, simulando piedras enteras labradas?
¿Qué tipo de despiece tendrá la piedra? ¿Serán piezas todas iguales y rectangulares? ¿Son piezas de diferente tamaño alternadas como por azar?
Y por último, y más importante. ¿Qué tipo de imagen quieres que dé la piedra? Me parece que es este último punto el que tienes que decidir en primer lugar. Por una parte dices que no quieres poner esquineras en las ventanas para que no parezca un caserío.
Si lo que quieres es que se vea que la casa está REVESTIDA de piedra, lo mejor son piezas rectangulares, colocadas como mejor te parezca y acabado liso, con las esquinas colocadas en chaflán (inglete) o con el canto de las piedras visto. Este es un acabado moderno y elegante.
Si lo que quieres es APARENTAR que la pared está hecha de bloques de piedra, entonces se trata de engañar a la vista. Lo mejor sería colocar piezas rectangulares con junta horizontal corrida (el sistema tradicional), acabado rugoso o labrado, y con piezas especiales de esquina (tanto en los huecos de ventanas y puertas como en las esquinas de la fachada). Estas piezas lo que hacen es que no se llegue a ver que estas colocando piezas de 5 cm de grosor, sino que simulan el canto de un bloque de mayores dimensiones. Este es un acabado mucho más clásico y por eso da un aspecto similar al de un caserío.
Espero que te haya servido de guía la respuesta. Sin embargo ten en cuenta que al tratarse de una cuestión estética, tan sólo te puedo ofrecer una opinión personal, un poco más válida si quieres por mi profesión, pero al fin y al cabo personal. Vuelvo entonces al principio, déjate aconsejar todo lo que quieras y al final hazlo como más te guste a ti.
Si tomas una decisión sobre la imagen que quieres que tenga la fachada y quieres saber si se puede construir o cómo hacerlo, no dudes en volverme a preguntar y te ofreceré una respuesta más técnica.