¿Cuál es el coste de una licencia de obras?

Eso es un tema que depende de cada Ayuntamiento, por lo que debes preguntar allí, en el Dpto. de Licencias.
Si te sirve de orientación, en El Puerto de Santa María (Cádiz) se paga un 4.5% sobre el Presupuesto de Ejecución Material del proyecto. Se hace un primer pago del 1% al solicitar la licencia y el 3.5% restante cuando te la conceden.
TEn en cuenta que si el presupuesto que se presenta es excesivamente bajo, el Ayto. Cuenta con unas tablas de cálculo y te liquidarán en base al cálculo que ellos hagan.
Piensa también que en todo el coste que supone hacerse una casa, la Licencia de obras es un coste mínimo, por lo que es muy recomendable solicitarla, ya que siempre te evitarás problemas y denuncias, y te encontrarás en tu total derecho a edificar lo que querías sin que nadie te ponga pegas.
Espero que te haya sido útil mi información.
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Yo soy de Málaga y no se como andan los precios por allí, pero aquí en Málaga para ver las tarifas, se puede consultar en la página web del ayuntamiento, ya que dependen de el.
Te aconsejo que consultes así mismo la página del ayuntamiento y en la sección de obras y urbanismo, podrás encontrar seguramente información al respecto.