ALQUILER Local Comercial sin alta autónomos

Tengo una duda. Os cuento. Mi madre tiene un pequeño local que alquiló a un señor que iba a montar un "zapatero", de los zapateros de toda la vida y hacer llaves. Me informé y me dijeron que mi madre tenia que darse de alta en hacienda para alquilar y así lo hice. Esto pasó en julio de éste año. En Octubre llamé al inquilino para recordarle que el 20 tenia que presentar el Mod. 110 de retención de IRPF y nosotros el IVA y me dice que no se ha dado de alta de autónomos aún porque el local lo tiene cerrado ya que trabaja también por cuenta ajena y le habían trasladado a Valencia y que esperaba que en Diciembre ya podría estar aquí. El alquiler es pequeño y por eso puede seguir pagándolo, pero pagar los autónomos también no lo haría hasta que no volviera a estar aquí y calculaba que para Diciembre. En vista de eso, quedamos en que de momento, las facturas que tenia que le hemos hecho nosotros con su Iva y su retención de IRPF, hiciera como si no las hubiera recibido y en Diciembre, una vez se haya dado de alta de autónomos él, hacer una factura por el importe del total ingresado a través de la cuenta bancaria y que ademas el concepto es "alquiler local" e ingresar el IVA e IRPF correspondiente en Enero 2014, de ésta manera, él podría beneficiarse fiscalmente de las entregas aportadas en el 2013 mas los gastos de agua y luz y nosotros no estaríamos en falso. A día de hoy, 10-12-2013 aún no se ha dado de alta como autónomo (aunque dice que si lo hará)¿Creéis qué es correcta esta solución o debemos hacer alguna otra cosa?. ¿Y si no se diera de alta en autónomos qué pasaría con esos ingresos que están con el texto "alquiler local" en la cuenta de mi madre?.