Ventajas e inconvenientes de alquilar a una empresa

Quisiera saber cuál es la diferencia de hacer un contrato de alquiler (en principio como vivienda de un empleado) con una empresa o hacerlo con una persona física.

Me han dicho que a una empresa tendría que cobrarle el IVA (gasto administrativo añadido) si es así: ¿podría descontarme IVAS? Tampoco sé si ellos me retendrían el 21% IRPF.

En caso de ser como vivienda de un particular: ¿tengo que tributar por el total neto? (ingresos menos gastos deducibles) o sigue vigente la exención para el fomento del alquiler. Si es así ¿hay límites?.

Es necesario pedir alguna garantía adicional, qué riesgos se asumen por ser una empresa, en fin todo consejo me será de utilidad.