Pues el problema del motor 1.6 HDI lo puedes encontrar en un artículo que le dedica la revista Autofácil en el número de este mes. En él aparecen detallados los fallos de este motor y el hecho de que Ford (que también utiliza este motor bajo el nombre de TDCI) va a retirarlo del mercado para solventar sus problemas en la versión de 110 cv.
En cuanto al Skoda, la versión en la que han solucionado estos problemas (al menos en gran parte) es en el 2.0 TDI, que al ser un motor rediseñado a fondo se ha podido prever este problema. La versión de 105 CV puedes ver en distintos foros que en otros modelos como son el Golf, el León... tiene algunos problemas de caudalímetros (ojo, esto no quiere decir que lo tenga que tener):
http://www.google.es/search?hl=es&q=caudalimetros+1.9+tdi+105&meta=cr%3DcountryESEn esta página tienes enlaces a algunos foros en los que se habla de problemas de estos motores. Pero aún así, un motor estupendo, si se cuida, no tienen por qué aparecer averías.