Sellar ventanas con silicona o goma

Acabo de cambiar el cerramiento de la terraza por uno con rotura térmica. Cuando me han instalado los cristales inferiores, debido al difícil acceso a los mismos y a que hay unos barrotes por delante del cristal, la silicona que han dado ha quedado sucia y mal dada, dejando huecos en la misma. Me han dicho que no han puesto una goma negra porque con los cambios de temperatura la goma se estropea. Al decirles que esa silicona esta mal dada, dicen de poner la goma negra por fuera al resultar tan difícil dar la silicona. ¿Es mejor poner la goma o dejar la silicona aun estando mal? ¿Hay alguna manera de dar silicona en lugares de difícil acceso? Tengo miedo que luego entre frio o agua, por el mal sellado