Olor en el water tras volver a colocar en el sitio

El tema es que esta semana saque la taza del water para poner parqué en el suelo,
tuve el lavabo sin agua y con el desagüe tampado con un trapo 4 días, después de poner el parqué volví a poner la taza en su sitio y le metí agua a la cisterna y hice correr agua por todos los grifos y desagües incluyendo el water, el problema que tengo es que ahora sale olor del water y escucho como baja el agua y cuando acaba hace como vacío,
quisiera saber si hay que poner alguna junta especial entre el flexo y la tubería de pwc si tengo que siliconar... O pegar la taza al parqué
antes de mover el water no me pasaba también comentar que el vecino de arriba esta haciendo reformas en su baño, por lo que no se si afectara que no tire el agua por su bajante,
bueno espero respuesta