Desconociendo que es o como haces los semilleros para que no salgan. Voy a ver si te doy unas pistas. Las semillas primero tienen que ser viables, vamos que no estén muertas. Las semillas germinan por temperatura, humedad y con ausencia luz.
Los profesionales hacen los semilleros en bancadas. Una especie de mesas de metal, como a unos 90cm de altura, se hace un bastidor de madera o hierro de unos 5cm de alto. Vamos un cerco. En una bañera vieja o un barreño, se pone la turba y se empapa bien el sustrato de agua; haciendo una especie de pasta. Esta pasta se echa sobre las mesetas o bancadas, con el cerco que hemos echo puesto, se rasea la bancada con una regla pasándola sobre el cerco. Luego se marcan los albeolos donde irán depositadas las semillas, como de unos 3cm entre unos y otros; lógicamente se cruzan para formar los albeolos, quedando de 3x3x5 de fondo. Esto se hace con una regla de madera o metal que tengas por ahí, pasando una llana una paleta de albañil por su canto claro .Las semillas se van colocando en los albeolos obtenidos en la operación anterior, con la ayuda de un repicador. Una especie de lapicero que puedes hacer tu de hueso, madera... Puedes cubrir el semillero con unos sacos o telas geotextiles, etc.El riego es fundamental en un semillero tiene que tener un equilibrio de humedad. Como la turba que hemos puesto ya, va regada en la especie de pasta que hemos hecho, durara unos días. Habrá que ir observando la necesidad de riego del semillero. Siempre muy suavemente con una manguera con una boquilla regulable para que haga una lluvia fina. Y poco mas hay que hacer. Los semilleros no necesitan ser abonados, es perder el tiempo. Temperatura y humedad acuérdate. Cuando sea el momento del repicado al suelo definitivo, con la ayuda de una paleta de albañil vas separando los albeolos marcados con plántula de tomate o lo que sea y los colocas en una cajita y a plantar.
Venga un saludo y ojo con los riegos y la temperatura. Ahh y buenna cosecha.