Problema con el agua de la piscina

Tengo una piscina de 5x8 m. De hormigón y pintura para piscinas (no se si estos datos son importantes pero por si acaso los pongo).
Bueno mi problema es que extraigo el agua de un regato que tengo en el huerto junto a la piscina el cual tiene un agua totalmente ácida ( el PH esta por debajo de lo que puede marcar el medidor) con la que me surge lo siguiente:
Lleno la piscina, y cuando esta llena le aplico un tratamiento de cloración intensivo de 12h aprox. Al finalizar las 12h de tratamiento el agua empieza a coger un gran verdor, antes de utilizar ni siquiera el aumentador del PH. El cloro queda en el nivel adecuado, pero como ya he dicho, el agua se queda totalmente verde.
La única solución que se me ocurrió fue la del floculante liquido, el cual disperso por toda la superficie del agua para dar el tratamiento. 24h después, como es normal, el agua esta perfecta, transparente y cristalina, pero el fondo de la piscina esta lleno de moléculas verdes floculadas. Aquí es donde viene el gran problema, que el filtro no es capaz a captarlas (tengo un filtro de arena con una bomba de 1 CV, es decir, vuelven por los impulsores más pequeñas aun, y casi ni vuelven a posarse en el fondo, estropean el agua de nuevo. Lo único que se me ocurrió es no filtrarlo todo y comprarme un limpiafondos manual (el que tengo es eléctrico y automático y tiene una bolsa interior que tampoco filtra el verdor) con el que extraer toda esa floculación al exterior de la piscina. Esto hago, pero al no filtrar nada, echando el verdor floculado y el agua fuera de la piscina, como es obvio, esta se vacía unos 10 o 15 cm mientras hago el proceso. VUELTA A EMPEZAR; relleno el hueco de centímetros, y trato con cloro, y al finalizar, como no, agua verde otra vez (aunque en menor medida ya que es menos agua a tratar pero perdiendo toda cristalinidad y pureza).
Mi pregunta es: ¿Hay alguna forma de evitar todo esto ya sea un producto químico o otra cosa? ¿Puede ser fallo mio?