Manchas en juntas del gresite

Tengo una piscina de obra con gresite. Es de 5X3, el sistema de tratamiento es por cloración salina. De momento la piscina está bien, tiene el agua cristalina y los valores tanto de sal como de ph, cloro y alcalinidad son correctos. La cantidad de sal es de 2800. Lo único que a veces me ha dado un poco bajo es el ppm stabilizer, pero siempre se ha corregido solo.
El caso es que este año hemos comprado una manta térmica para por la noche y nos han empezado a salir unas manchitas como de color marrón en algunas de las juntas de los gresites y siempre en el fondo de la piscina nunca en los laterales. No se si tendrá algo que ver con la manta o que no la estemos usando correctamente.
Es el tercer verano que tenemos la piscina y considero que es un poco pronto para que se nos esté levantando la lechada pero bueno supongo que todo es posible.
Otra pregunta, nos vamos una semana de vacaciones y no sabemos si es conveniente dejar la manta térmica puesta o quitada.