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Hola!
Parece claro, que lo importante en tu caso, podría ser aislar bien la ventana de la terraza, y no tanto la que de al comedor, porque la protegería la ventana de la terraza. Este punto, depende mucho de la utilidad que le vayas a dar a la terraza, ya que si esta no va a ser habitable, o se va a quedar como simple trastero o similar, a lo mejor interesa cambiar el orden, y aislar bien la del comedor, y no tanto la de la terraza.
En todo caso, mi recomendación para la ventana a la que vas a dar prioridad, sería el colocar una carpintería de rotura de puente térmico, con una sección importante, de 70 mm o por ese precio, un pvc (con prestaciones superiores), y vidrios bajo emisivos (planitherm o guardiansun para ser más exactos), y una perfilería más sencilla para la otra ventana.
Debes tener en cuenta, que una buena perfilería, y unos buenos vidrios, te ayudarán tanto con los inviernos duros de Madrid, como con el calor que recibe una vivienda con esa orientación en la meseta.
Lo que no haría, en todo caso, sería prescindir ni de los vidrios bajo emisivos, ni una buena perfilería, ya que ganarás en confort durante todo el año.
En cuanto a tu pregunta sobre manillas, comentarte que existen manillas que se quedan embutidas en la perfilería, y aunque más incómodas, solucionarían el problema. También las existen llamadas planas, más cómodas que las anteriores y menos que las normales, y que sobresalen algo con respecto a las normales.