De entrada me parecen más o menos bien los números. Pero tengo que comentarte una cosa, a riesgo de que consideres insuficiente la respuesta.
Jamás, en una fase previa puedes hacer ese tipo de consideraciones económicas. Una construcción no es un proceso exacto y es imposible de calcular tan a priori el coste total. Quiero pensar que los números salen de aplicar algunas fórmulas estándar. De ahí que sean tan precisos (incluso en céntimos).
En la construcción hay que prever gastos de instalaciones (consumos y contratación de obra) que no suelen hacerse cargo los constructores pero también costes accesorios que no se conocen hasta que no se emprende la obra. De hecho, cuando un constructor propone una obra "llaves en mano" el margen de beneficio es muy amplio para compensar todos esos imprevistos que surgen durante la ejecución de la misma.
Todo esto te lo digo en el sentido que si realmente piensas que la cantidad que vas a invertir para hacerte una casa va a ser la que tienes considerada con esos números, deberías replanteártelo. Las cantidades pueden servir para tener una primera idea de cuánto puede subir a grandes rasgos, pudiendo admitir variaciones del orden del 10-20% del total habitualmente hacia arriba (aunque también puede salir más económico).
Lo más importante es invertir en un buen arquitecto (ya sé que puede sonar interesado por mi parte). Un profesional competente, aunque pueda ser más caro, te ayudará a tener todo ese proceso controlado e incluso a mantener los costes en un margen que hayáis prefijado con total garantía.
Después del discurso que te he metido sobre mi desacuerdo con la metodología paso a contestar más directamente lo que preguntas y si te queda alguna consulta más no dudes en insistir y pedir todas las aclaraciones que consideres oportunas.
De base te faltan unas pocas cantidades. Por ejemplo si tienes que pedir hipoteca hay que calcular el coste de notario de constitución de la misma, así como la declaración de obra nueva, gastos de estudio del banco... etc. De licencias desconozco el porcentaje que aplicarán en el municipio de construcción. Suele estar entre un 4-5%. Además hay que calcular las fianzas, que a pesar de ser un coste a retornar hay que abonarlo antes de iniciarse las obras. En cualquier caso las fianzas sólo se pueden conocer con el proyecto acabado ya que algunas dependen directamente de él y de su repercusión en la parcela (es diferente una fianza de un edificio con sótano que sin él, con piscina o sin ella, de ladrillo o de hormigón... etc).
Del proyecto te hará falta plano topográfico además del geotécnico. De la construcción el coste de las pruebas de calidad de los materiales, que van a cargo del promotor. El IVA de la construcción debería ser también del 21% ya que el tipo reducido ya sólo se aplica a rehabilitación y en unas condiciones muy específicas. También es posible que en tu comunidad se exija la contratación de un seguro de responsabilidad civil de promoción (te lo confirmarán en cualquier agencia de seguros que cubran construcción). Y deberías tener en cuenta la posibilidad de contratar el seguro decenal y el sobrecoste de un control técnico, todo ello para valorar una posible venta de la casa en un plazo inferior a 10 años. Aunque esto último es opcional y no suele hacerse en casos de viviendas para el propio uso.
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