No entiendo la regla de la prorrata

Tengo un cliente que es apicultor, y ahora se ha dado de alta en promotor de terrenos, por que le ha entrado mucho terreno suyo en un PAI. ¿Y cómo le tenían que devolver 46.000? Del año pasado, ¿pero tenía una subvención de 7.000? Por la apicultura, dicen que le van a aplicar la regla de la prorrata, y que no le devolverán tal cantidad, sino que sólo una parte. Por lo que agradecería mucho que me explicases qué es y cómo funciona la regla de la prorrata. Un saludo y gracias de antemano de Juan Alcaide.

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La regla de prorrata lo que viene a decir es que si usted tiene ingresos por los que no cobra IVA (la subvención) el IVA no será deducible como tal sino hasta un porcentaje.
Con los datos que me da usted tiene unos ingresos totales de 53.000 de los cuales sujetos a IVA tiene 46000 de donde el porcentaje sujeto a IVA es 87%. Si tiene un IVA deducible total de 10000, el IVA deducible será de 8700 y las otras 1300 serán gasto den IRPF o sociedades.
Imáginese un médico que no cobra nada de IVA, estos profesionales no se pueden deducir nada de IVA aunque paguen lo que sea (suponga la compra de la consulta) ya que están sus servicios exentos al igual que la subvención que ha recibido.
De todos modos le comento que en la comunidad europea hay una directiva (la 6ª) que dice que las subvenciones no tienen por qué afectar al porcentaje de deducciones, pero españa no lo ve así. Por otro lado por lo que me dice usted no tiene que aplicar prorrata nada más que por los gastos comunes a la actividad promotora y a la apicultura (que serán los menos) ya que usted lo que tiene es lo que se llaman actividades diferenciadas y cada uno lleva un régimen de deducción de IVA diferente, es un poco complicado pero más o menos es lo que le comento.

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