Indemnización finiquito

Buenas al repasar mi finiquito por fin de contrato por obra he conprobado que me han descontado el 9,81% del total es decir de las vacaciones que tenia pendiente, de la parte de extra de navidad, de de la indemnización de 20 días por año trabajado, yo tenia entendiado que sobre la parte de indemnización no se tenia que hacer ningún descuento, pues lo que quiero saber es si ya que me lo han descontado puedo incluirlo en la próxima declaración y si puedo meter solo lo descontado o tengo que declarar también la indemnización. Gracias