Comunidad Autónoma a especificar en la declaración

Hola,
mi caso es el siguiente. El año pasado trabajé en Valladolid hasta Octubre, mes en el que comencé a trabajar en Madrid. Ahora mismo tengo mi domicilio fiscal en la Comunidad de Madrid.
Mi duda es como reflejar esto en la declaración. ¿Debo hacer la declaración marcando la Comunidad Autónoma en la que más meses he cotizado (Castilla y León)? ¿En la que acabé el añó (Madrid)? ¿En la que ahora mismo tengo fijado el domicilio Fiscal (Madrid)? O hay algún mecanismo que me permita especificar ambas (en el programa padre, ¿por qué en la modificación online del borrador es imposible)?
Esto me genera otra duda y es que, como he vivido en alquiler en ambas comunidades autónomas, ¿dónde solicito la desgravación por alquiler de vivienda? Imagino que respondida la primera pregunta quedaría respondida esta segunda.
Muchas gracias,
Saludos,
Miguel