A efectos de Unidad Familiar en el IRPF tienes lo siguiente:
Unidad Familiar
A efectos del IRPF, existen dos modalidades de unidad familiar, a saber:
En caso de matrimonio (modalidad 1ª):
La integrada por los cónyuges no separados legalmente y, si los hubiere:
Los hijos menores, con excepción de los que, con el consentimiento de los padres, vivan independientemente de éstos.
Los hijos mayores de edad incapacitados judicialmente sujetos a patria potestad prorrogada o rehabilitada.
La mayoría de edad se alcanza a los 18 años.
En defecto de matrimonio o en los casos de separación legal (modalidad 2ª):
La formada por el padre o la madre y la totalidad de los hijos que convivan con uno u otra y reúnan los requisitos señalados para la modalidad 1ª anterior.
De la regulación legal, a efectos fiscales, de las modalidades de unidad familiar, pueden extraerse las siguientes conclusiones:
Cualquier otra agrupación familiar, distinta de las anteriores, no constituye unidad familiar a efectos del IRPF.
Nadie podrá formar parte de dos unidades familiares al mismo tiempo.
La determinación de los miembros de la unidad familiar se realizará atendiendo a la situación existente el día 31 de diciembre de cada año.
Por tanto, si un hijo cumpliera 18 años durante el año, ya no formará parte de la unidad familiar en ese período impositivo.
http://www.agenciatributaria.es/AEAT.internet/Inicio_es_ES/_Segmentos_/Ciudadanos/Minimos__reducciones_y_deducciones_en_el_IRPF/Declaracion_conjunta_en_el_IRPF/Unidad_Familiar.shtml
De estos datos se deduce que en tu caso, si tu hija vive con ambos, tendrías 2 opciones:
--> Declaración individual madre con 100% de la hija / Declaración individual padre sin hija
--> Declaración individual padre con 100% de la hija / Declaración individual madre sin hija
Aunque tu mujer no está obligada a presentarla (ingresos inferiores a 22.000 euros con un sólo pagador) es probable que le interese porque al tener un hijo te baja el IRPF que pagas, y a lo mejor la empresa no le ha aplicado esa bajado en las retenciones.
Cuando los cónyuges no están casados no se considera unidad familiar a efectos de IRPF por lo que cada año debéis elegir en cual de los dos integráis a la pequeña.