Obligaciones al vender primera vivienda

Mi madre tiene 61 años y quiere vender su piso en el País Vasco. Vivió allí toda la vida pero los últimos 4 años se trasladó a Baleares y empadronó allí.
Ahora ha puesto a la venta el piso del País Vasco y se ha vuelto a empadronar allí, porque hemos oído algo de que si no estás empadronado o no se considera tu vivienda habitual (o algo así, no se exactamente) el piso que vendes, Hacienda se puede quedar con un porcentaje del precio de venta o te puede cobrar más impuestos. También creo que influye la edad de la persona que vende su piso pero no lo se seguro.
¿Me podrían explicar esto un poco? Si debe pedir algún documento o justificante para que cuando venda la casa no aparezca después ningún impuesto sorpresa (igual que ahora son muy habituales las complementarias de las ITP, tememos que igual hay alguna forma de recaudación que desconocemos y si no te preparas antes luego no hay salida... Igual que para las ITP se puede pedir una tasación y poder presentarla como acorde con el precio de compra para no tener que pagar de más porque Hacienda considere que el valor de la casa es otro).
Ella además es propietaria del 50% de un estudio en Baleares en el que había vivido estos últimos años, pero realmente su vivienda habitual/primera fue la del País Vasco, que ha sido suya desde hace 35 años. El estudio de Baleares lo compró a medias con otra persona en el 2006.
Si pueden, aclararen nos dudas sobre si tiene derecho a quedarse con el 100% del precio de venta o si hay supuestos en los que se le exige un porcentaje por algún motivo o condicionante.