Prorrata

Hola,
mi duda es la siguiente: le llevo a mi hermana que es abogada la contabilidad. Esta realiza servicios exentos de IVA y con IVA. Mi problema viene que en trimestres anteriores no sabia muy bien diferenciar el IVA Exento del IVA al 0%, entonces al hacer el modelo 303 las prestaciones de servicios exentas me salían en la casilla 44, y en este ultimo trimestre no me sale en ninguna casilla.
Debido a que he cambiado la configuración del iva, mi programa informático es contaplus, no se si lo conoce. De todos modos. Me podría ayudar?? Si esto que he hecho arriba esta bien, o mejor dicho lo hice bien en los trimestres 1,2 y 3 o en el 4T.
ademas, comentarle que la prorrata no la he hecho, así que la puedo hacer en el ultimo trimestre, pero lo hago en el 303 del 4t o lo especifico en el 390??? Como haría la prorrata??
saludos y gracias