Si ya has pagado la licencia, el ayuntamiento te puede estar pidiendo el valor de la construcción por el formulario de estadística que obliga el Ministerio de Fomento a rellenar, aunque este dato ya les debería constar en la licencia de obras.
Para la escritura de obra nueva, te adjunto los aranceles del Notario (son públicos):
Por los instrumentos de cuantía se percibirán los derechos que resulten de aplicar al valor de los bienes objeto del negocio documentado la siguiente escala:
Cuando el valor no exceda de 6.010,12 euros: 90,151816 euros.
Por el exceso comprendido entre 6.010,13 y 30.050,61 euros: 4,5 por mil.
Por el exceso comprendido entre 30.050,62 y 60.101,21 euros: 1,50 por mil.
Por el exceso comprendido entre 60.101,22 y 150.253,03 euros: 1 por mil.
Por el exceso comprendido entre 150.253,04 y 601.012,10 euros: 0,5 por mil.
Por lo que excede de 601.012,10 euros hasta 6.010.121,04 euros: 0,3 por mil.
Por lo que excede de 6.010.121,04 euros el Notario percibirá la cantidad que libremente acuerde con las partes otorgantes.
Y los del Registro de la Propiedad:
Por la inscripción, anotación o cancelación de cada finca o derecho, se percibirán las cantidades que fijan las siguientes escalas:
Si el valor de la finca o derecho no excede de 6.010,12 euros, 24,040484 euros.
Por el exceso comprendido entre 6.010,13 y 30.050,61 euros, 1,75 por 1.000.
Por el exceso comprendido entre 30.050,62 y 60.101,21 euros, 1,25 por 1.000.
Por el exceso comprendido entre 60.101,22 y 150.253,03 euros, 0,75 por 1.000.
Por el exceso comprendido entre 150.253,04 y 601.012,10 euros, 0,30 por 1.000.
Por el valor que exceda de 601.012,10 euros 0,20 por 1.000.
No me consta nada de la amnistía de la que me hablas. Puede ser que sea para una zona o población concreta y para regularizar áreas con predominio de viviendas sin licencia o ilegales. Aunque este fuera el caso, tu vivienda al ser nueva y al haber ya pagado licencia de obras, muy probablemente no te correspondería.