Pagas extras estando de baja

Hola mi mujer estando embarazada la dieron la baja por enfermedad común, desde abril hasta la semana pasada que nació nuestra niña, la cuestión es que en Junio siempre tenia paga extra y esta vez no la ha cobrado, ¿puede ser el haber estado de baja? , si es así, ¿Es un procedimiento normal el no cobrarla?
Gracias