Como indicas que se trata de un cheque del HSBC en dólares entiendo que se trata de un cheque extranjero (de Reino Unido o EEUU) ya que, aunque son muy poco habituales podría ser un cheque español emitido por ese banco.
Lo que ha hecho tu banco es ingresarlo en tu cuenta, y como se hace habitualmente te habrán retenido el importe del cheque, por lo que si como me ha dicho has retirado dinero, no lo habrás hecho del importe del cheque si no del resto de fondos que tienes en la cuenta. Si no tenías nada, será que no han aplicado ninguna retención (aunque es un poco raro).
Si como te dijo tu ex jefe, la cuenta está cancelada, pueden pasar dos cosas. Una que tu jefe tenga otra cuenta en el HSBC, por lo que quitarán el dinero de la otra cuenta y no pasa nada. La segunda es peor, ya que si la cuenta esta cancelada, el HSBC lo que hará es devolver el cheque. Tu banco lo que hará cuando le devuelvan el cheque es retirarte el dinero de la cuenta y cobrarte una comisión por la devolución.
Aquí volvemos a lo de antes. Si tienes dinero en cuenta lo único que pasará es que perderás ese dinero más la comisión, pero si no tienes dinero (y lógicamente es porque no ha hecho una retención) te dejarán la cuenta en descubierto y le deberás ese dinero a tu banco. En caso de pasar esto último te recomiendo ingresar cuanto antes porque los intereses de descubierto son muy altos.
De lo último que pregunta no te preocupes. No te pueden acusar de estafa ni nada parecido porque, por un lado tu no sabias que el cheque no tenia fondos, y segundo en España ingresar un cheque sin fondos no es delito (en otros países sí lo es, pero el delito lo comete quien entrega el cheque y no quien lo ingresa).
Por último decirte que si el cheque es extranjero aun tardarás por lo menos 15-20 días en saber si viene de vuelta o no. lo mejor sería que tu jefe hablase con el HSBC para solucionarlo antes.