Días por enfermedad madre

Pues... el caso que comentas, depende por entero del convenio colectivo. Por el número que mencionas no consigo acertar qué convenio es exactamente al que estás sujeta.
Si me ciño a lo que tú me citas, que el convenio menciona el derecho del trabajador a tomarse 4 días dos veces al año, pues el caso está claro y tu jefe no tiene derecho alguno a quitarte ese dinero, ya que tendrías la posibilidad de tomarte hasta 4 días seguidos. El hecho de que el convenio diga que puedes cogerlos dos veces al año, quita la posibilidad de que te acojas a este derecho más de dos veces, pero no implica que tengan que ser obligatoriamente dos, sino que puedes tomártelos todos de una vez.
O sea, que en la práctica, podrías cogerte 4 días de una sola vez, dos días en una ocasión y dos en otra, tres y uno, etc.
En este caso es mejor que le recuerdes a tu jefe, convenio en mano, que está "equivocado". En caso de que no quiera verlo, lo mejor es que acudas al comité de empresa, si lo hay, o a un abogado laboralista para que te gestione un acto de conciliación entre tú y la empresa.
Suerte, y para cualquier cosa.

Evidentemente tienes derecho a 4 días, si no necesitas desplazamiento porque en ese caso serían 6.
Hazle referencia al art. del convenio o muestraselo a tu jefe, si no te paga el salario correctamente tienes hasta un año para reclamar la cantidad adeudada judicialmente.

El Estatuto de los trabajadores marca 2 días de permiso en caso de hospitalización o enfermedad grave (art. 37), el Estatuto del trabajador es norma mínima a mejorar lo que regula el Convenio. Yo desconozco el Convenio colectivo por el cual te riges pero te diré que lo que esta regulado en convenio prevalece frente a lo legislado en el Estatuto del trabajador. Por lo tanto te corresponden 4 días según me dices.

Pertenecen 3 días desde el día de el ingreso.
Creo que deberías de acudir a una gestoría para que te revisase tu convenio, pero no tienen porque descontarte esa cuantía.
Eso de coger ese permiso dos veces al año, en principio no.
Pero esta claro que la primera aclaración, debes de ponerla en claro.
Por favor, acude a una gestoría, antes de que a final de mes te descuenten algo que no es.
Cualquier cosa, consúltame-

Si tu convenio lo dice, es ley. No obstante, creo que has interpretado mal tu convenio.
El estatuto de los trabajadores marca 2 días, pero no dice si dos veces, tres veces o 500 veces al año, y un convenio no puede jamas desmejorar lo establecido en dicho estatuto.
Por tanto, no debe descontarte ese día, pero tu tampoco tienes derecho a cogerte más días de lo establecido.