Plus de transporte en la nomina

Recientemente noté como en mi nómina, se producía un "reajuste de conceptos", pasando a ser mi plus por transporte de 19 a 97 euros, cantidad que, para que el resultado final de la nómina sea el mismo, me restaron del concepto "prima por convenio". El problema, es que al ser el plus por transporte un concepto extrasalarial, no forma parte de la base cotizable, por tanto ese reajuste me lleva a cotizar 78 euros menos cada mes. ¿Es eso legal?
Según me explica el compañero que hace las nóminas, esa cantidad de plus por transporte es según convenio, así que poco puedo reclamar, pero por otro lado he odio, que el plus por transporte no cotiza siempre y cuando cumpla realmente la función de suplido por transporte, pero mi gasto mensual por dicho concepto es de 51 euros y en ese caso deberían cotizar los 47 euros restantes, pues se entiende que la empresa me los abona voluntariamente. ¿Estoy en lo cierto?