Conciliaciones bancarias

Hola, me hiciste una pregunta de contabilidad, pero como la has cerrado no puedo contestarte por esa vía. Como he visto que eres experto en fiscal, te contesto por aquí.
Si ya habéis punteado los bancos y no localizáis la diferencia, revisa primero si la diferencia es la misma que tienes al cierre del ejercicio anterior (entiendo que es 2006). Si es que sí, quiere decir que se arrastra desde atrás y no sabemos desde cuando cuando; entonces estoy de acuerdo contigo en que sería muy complicado encontrar la diferencia, y tendrías que regularizarla:
Como el saldo de contabilidad es superior al del banco, quiere decir que hay pagos que están sin contabilizar (es lo más ususal) o cobros registrados que no se han cobrado realmente. Lo más seguro es el primer caso; si en los saldos de los proveedores hay facturas antiguas sin compensar y crees que están pagadas, puedes compensarlas con ellas. Sino, tienes que regularizarlas contra gastos de ejercicios anteriores, y serían gastos no deducibles fiscalmente.
La diferencia generada en 2007 sí tendrías que puntearla para regularizarla donde corresponda realmente. Si no lo sabes te los tienes que llevar a extraordinarios en 2007.
También tienes otra alternativa: borrón y cuenta nueva, pero sin llevarlo a resultados. Me da la sensación de que hace poco que tienes que llevar la contabilidad de la empresa, entonces cuando vayas revisando todos los saldos de proveedores y clientes te van a ir saliendo saldos que también habrá que regularizar. Si es así llévate la diferencia del daldo de 2006 a la 555 de Partidas pendientes de aplicación, y conforme te vayan saliendo más historias regularízalas contra esa cuenta. Cuando estés seguro de todos los saldos contables y no haya más donde rascar, entonces sí liquidas la cta 555 contra resultados extraordinarios no deducibles.
Espero haberte servido de alguna ayuda. Saludos.