Sobre una "comprobación limitada" de IVA

Me comenta una amiga empresaria lo que le ha ocurrido en una "comprobación limitada" de IVA. Me gustaría saber si ésto debe ser así. Ella tiene una empresa de servicios (sociedad limitada) con dos centros de trabajo en dos capitales de provincia diferentes por lo que el desplazamiento entre ambos es de cierta frecuencia, originando en el trayecto algunos gastos de consumición por comidas y gastos de combustible en los tres vehículos propiedad de la empresa; los demás gastos son de teléfono (móviles y fijos ), energía, etc. En el curso y finalización de la comprobación limitada de que ha sido objeto, que le han sido rechazados la totalidad de los tickets de consumiciones en carretera (aunque incluían debidamente la identificación del proveedor: NIF, fecha, etc.) y facturas de alojamientos y sólo le han aceptado hasta el 50% de las facturas del proveedor de combustible para los vehículos. Preguntas : 1) Qué sentido tiene contabilizar una buena cantidad de "pequeños gastos" justificados mediante tickets bien identificados fiscalmente para que luego NO SEA IVA SOPORTADO DEDUCIBLE .
2) Por qué la AEAT excluye los gastos de hospedaje y restauración (artículo 95 del LIVA)
3) Por qué la AEAT sólo acepta un máximo del 50% del IVA soportado en las facturas del suministro de combustible
4) Como influyen estos criterios sobre el IVA Soportado en la formulación del Impuesto de Sociedades
Sobre las preguntas 1 a la 3 desearía saber como plantear discrepancias con la AEAT.
Gracias.
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Como comentas existen incongruencias con la administración, pero, depende el funcionario que toca, se ciñen a lo que marca la ley, para que un IVA sea deducible es obligatorio que tenga una factura correcta, el IVA de los tickets nunca se puede deducir al no cumplir los requisitos formales. Solo se acepta el 50% del combustible porque la normativa especifica que solo se acepta como deducible el 50% del IVA de los vehículos turismos y de todas las facturas que se refieran a ellos, combustible, reparaciones, etc. El IVA que no se considera deducible se puede considerar como gasto de cara al impuesto sobre sociedades. Tienes muy difícil discutir sobre estos temas, ya que se limitan a aplicar la ley, este tipo de revisiones depende mucho del funcionario, yo he tenido muchas y algunas veces me aceptan unos IVAS y otras veces no, siento lo que ocurre.
Esto de estar en manos de una funcionaria (en este caso) y de lo bien que le caigas tiene guasa. Te agradezco muchísimo tu respuesta tan rápida como ilustrativa que valoro muy positivamente.

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