¿Alta de Autónomo?

Les comento mi situación. Trabajo en una empresacon un contrato y cotizo en la Seguridad Social como cualquier trabajador. Como mi jornada laboral es de 8 a 15h, mi empresa me autorizo a trabajar fuera de la jornada laboral donde quisiera. Por ese motivo también estoy trabajo de gestor de proyectos de investigación, lo cual realizo por las tardes y los fines de semana. En este segundo empleo, no estoy dado de alta en ningún sitio, ya que es una cosa particular mía con mi anterior jefe, que quiero terminar para no dejarles colgados.
Actualmente mi jefe del 2 trabajo, me han dicho que me quieren pagarme por los servicios que le he prestado y por lo que queda de año, por ese motivo me han pedido que les emita una factura, y es aquí donde vienen mi dudas, ya que se que me tengo que dar de alta en el IAE y hacer la factura con la deducción del IRPF y la suma del IVA, que tengo que presentar los resúmenes trimestrales y anuales del IVA, y que en mi declaración del la renta del año que viene, tendré que poner también este IRPF, pero ¿me tengo que dar de alta de autónomo?, lo digo porque es una factura única, en la que cobraré todo el año y yo ya cotizo por el trabajo en la otra empresa. ¿Puedo evitarlo?, La factura es equivalente a un sueldo anual, es decir, ¿entre 13.000 y 15.000?.
He leído mucho, y tengo dudas de interpretación, sobre todo por la cantidad que es, quizás, si hay algún límite, ¿me interese emitir 2 ó 3 facturas?.
Por último, ¿el coste de autónomo son unos 200? ¿No?