Respecto a la primera pregunta la respuesta es que sí, ya que aunque no haya licencia de funcionamiento ni actividad económica se sigue considerando un inmueble urbano (igual que te sigue correspondiendo pagar el IBI has de realizar la imputación de rentas en el IRPF).
En cuanto a la segunda pregunta comentarte que si las obras de mejora son a cambio del alquiler y se quedan en el local, es decir, si el local mejora debido a la realización de las obras, la parte proporcional del valor de dichas mejoras correspondiente a esos dos meses debes incluirla en tu declaración de la renta como rendimientos del capital inmobiliario, con independencia de que no percibas su importe por haberlo invertido el arrendatario en la mejora del local a cambio del alquiler.
Ahora bien, si las mejoras son exclusivamente para poder realizar la actividad para la cual fue arrendado, y no mejoran al local en nada, no debes imputarte ningún rendimiento.
En ambos casos debes realizar la imputación de rentas hasta noviembre y se pueden deducir los gastos proporcionalmente a los dos últimos meses, si bien en el segundo caso, al no contabilizarse ninguna percepción de renta y no poder ser el rendimiento neto procedente del capital inmobiliario negativo, este hecho es indiferente.
Espero haberte ayudado y cualquier duda me dices.
Saludos,
Carlos Jiménez Vilá
Asesor Fiscal
www.misfinanzasytudinero.com