Operaciones intracomunitarias con Suiza.

Llevamos desde el año 2009 trabajando con una empresa Suiza de venta de maquinaria y recambios. En estos días que he estado de vacaciones han llegado cartas de hacienda en las que nos sancionan por no haber declarado todas las operaciones intracomunitarias de tres trimestres del 2010. La asesoría que nos lleva el tema fiscal se ha informado y parece ser que es la empresa de transportes DHL Austria que declara realizar servicios a nuestra empresa. El problema es que los portes nos los cargan en factura nuestros proveedores así que la relación del transportista es solo con ellos. Pero la cosa es más complicada aún, cuando el porte lo pedimos urgente y nos viene por avión DHL express de españa nos envía factura donde nos cobra el IVA y las gestiones de administración de aduanas, pero cuando el material nos viene por terrestre solo me llega el documento de aduanas y más hojas en alemán que no entiendo ni puestas del revés. En la primera hoja que me manda DHL sí que pone en inglés que adjunto me mandan los documentos de aduana y que la aduana Austriaca no cobró el IVA y que es nuestra función declarar el iva directamente en nuestra "revenue office" que supongo que se refieren a hacienda. De todas formas hasta la fecha lo que he hecho es enviar copia de todo ello a la gestoría que nos lleva estos temas y suponía que de alguna forma con algún documento ellos declaraban ese IVA que como al fin y al cabo nos va a ser devuelto no entiendo tanto lio. Otra cosa sería que no declarara facturas que yo he emitido. También recalco que en ninguna de las hojas de los documentos consta nada como factura y que lo que se supone que declaran es lo que viene en la última hoja y sí que hay una tabla con una fila que pone "Bemessungs-grundlage" o sea según el traductor de google base imponible ahí ponen un precio que coincide con el precio estadístico que viene en el documento de aduanas luego lo deben multiplicar por la cantidad cero con lo cual al final donde se supone que pone cantidad de derechos que deben pagarse pone: EUR 0.00 Que me digan a quien tengo que pagarle cero euros que voy corriendo.
Espero que alguien me pueda ayudar con este tema porque no sé cómo solucionarlo.