Haber habría que ver un poco lo que estáis haciendo y demás ok pero cuando hablas de stock me supongo que te estas refiriendo al inventario y aclarando un poco lo que puede ser la discrepancia de criterios no entiendo que tiene que ver ahora el cambio del IVA con tu control de inventarios.
Esas existencias que has comprado las tendrás que tener valoradas al precio de coste luego puedes usar el criterio fifo o coste promedio.
Ejemplo si tu tienes 5 naranjas por poner algo y las compraste a 10 euros tu en tu inventario tendrás 50 euros naranjas si tu vendes a 20 euros cada naranja y vendes 3 lo que tienes que dar de baja son 30 no 60.
Y tu lo que tienes que haces es una factura de la venta con el 21 % pero en tu inventario funciona como te he comentado
Ademas el stock suele referirse a unidades físicas es decir las unidades que tienes en cada almacen en consigna ...