Banderas según nacionalidad

En principio, podría depender del tipo de evento, ya que en la mayoría no existe obligación protocolaria de ubicar una bandera del país de cada participante (conferencias universitarias o científicas, por ejemplo). Si la persona acude en representación de su país, o se desea tener un detalle hospitalario especial, su bandera debe situarse a la derecha de la del país anfitrión, no según se mira a las banderas, sino a la derecha mirando desde la bandera.
Lo único realmente importante es que no des prioridad a la bandera de su país frente al país anfitrión, pues eso significaría que estás en su país y por lo que dices no es el caso. Si simplemente hay dos banderas el orden es sencillo, y es como te cuento. Si tuvieras que ubicar más banderas, ya depende. Si se trata de banderas regionales (región, ciudad), supranacionales (olímpica, ONU, Unión Europea...) o de corporaciones, asociaciones, universidades o empresas, lo mejor es que no las mezcles con las de los estados/naciones, utiliza stands separados.
Si te vieras en el caso de tener que ubicar las banderas de varios países, utiliza el orden alfabético en el idioma oficial de tu ubicación, o el orden alfabético de la denominación internacional del país (antiguamente se ordenaban por orden de antigüedad del país, pero esto ya no se suele hacer).