Donde solicitar Baja IT de un Autónomo

Buenas tardes, te una duda que le voy a exponer a ver si me puede ayudar. De antemano se lo agradezco.

Trabajo en una empresa que antes era persona física y ahora ha cambiado a SL, el gerente de la misma (jefe) lo han operado de una rodilla y por tanto esta de baja, antes todo esto lo tramitaba la gestoría pero ahora para reducir gastos lo tengo que hacer yo y no tengo ni idea de lo que tengo que hacer ni como. Lo único que se es que necesito los 3 últimos recibos de del autónomo y poco mas. A los trabajadores cuando hay una baja la tramito por el sistema red directo y en las nóminas también se lo calculo pero ahora con este caso no se que hacer. En la nómina si que le he puesto ya la baja pero no se donde solicitarle ni como la parte que como autónomo le corresponde. No se si me estoy explicando bien, espero que me entienda. Usuarios saludo