Progesterona y embarazo

Hola,
Escribo porque tengo muchas dudas y necesito que alguien me aclare un poco.
Llevo 6 meses intentando quedarme embarazada, como tengo ovarios poliquísticos y reglas muy irreguales, mi ginecóloga me mandó progesterona durante 14 días en la segunda fase del ciclo para regularme y que entre el día 10 a 12 me hiciese test de ovulación.
Desde que me la tomo sólo me da positivo el test de ovulación cuando ya estoy en la 2ªfase del ciclo es decir con la progesterona y he leído en muchos artículos que la progesterona es buena una vez que has ovulado pero si ovulas más tarde la misma hormona cambia el moco cervical y dificulta un posible embarazo.
El caso es que no me he quedado y no sé que pensar...
Necesito un poco de ayuda y que me expliquen porque ella me dice que hasta que no haga el año no me preocupe...