Antibióticos

Antes de nada: esto es un foro de internet y como tal has de tomarlo. Nada sustituye a la visita médica en persona, aunque consultes a un especialista por internet éste no podrá verte y no podrá hacer NUNCA un diagnóstico ni indicar un tratamiento.
Hecha esta salvedad, no me parece normal lo que me cuentas; visita a tu médico para que, una vez valorado tu estado, aconseje las medidas más adecuadas. La doxiciclina es un antibiótico que habitualmente es muy bien tolerado, y salvo intolerancia digestiva (que puede afectar hasta al 40% de las personas que lo toman), el resto de los síntomas que refieres no los relaciono con el fármaco, y sí quizás con algún tipo de infección (que por haber tomado antibiótico podría ser un germen oportunista y resistente al que has tomado).
Insisto, vete a tu médico que te podrá valorar en persona y aconsejarte la actitud más correcta.