Supongo que ya haces lo que conocemos popularmente, ¿no? Lavarte los dientes después de cada comida, y usar un enjuague una vez al día... La higiene debe ser rigurosa. También la salud dental: si tienes picaduras o empastes, deben estar limpios y arreglados.
No soy médico, pero yo no me quitaría las amígdalas. No creo que sean el problema, sólo que los restos según dices, se almacenan allí. La función de las amígdalas es precisamente proteger, crear anticuerpos.
En vez de eso, ¿Has mirado qué dieta sigues? ¿Vas regularmente al cuarto de baño (una vez al día mínimo)? ¿Sufres de estreñimiento? ¿Qué aspecto y consistencia tienen las heces? Si son apretadas y compactas, tu cuerpo necesita más agua.
Para la dieta, prueba a comer menos carne y fritos (sobre todo por la noche, ya que el cuerpo trabaja por la noche con lo que tenga dentro), y más verduras, y en concreto, espinacas y alcachofas. Toma algo de fibra (salvado de avena, por ejemplo, se puede echar en ensaladas, cremas, yogures, etc) para mejorar el tránsito intestinal. Para el aliento, te vendrá bien tomar infusiones de menta-poleo, o las digestivas (en cualquier supermercado); se pueden tomar a cualquier hora. También ayudarán a depurar.
Por otro lado, ¿padeces de faringitis o dolor de garganta periódicamente? ¿Resfriados o congestión? La acumulación de mucosidad también produce mal aliento.
Y aunque te resulte extraño, mira a ver: ¿Hay algún aspecto de tu vida que no te guste, y te sientas obligado a mantener? ¿O hay algo de lo que no te puedes/quieres desprender? (Material o no: recuerdos, creencias, comportamientos...). ¿Estás contento contigo mismo?
Te hago una pregunta loca: ¿Te dice algo la palabra "escorpión"? (Sensaciones, imágenes, palabras...) No importa que no lo entiendas, quédatela en la cabeza unos días a ver si aparece algo. Si no, tampoco es importante.
Probablemente depurando la dieta y tu cuerpo, mejore el aliento.