Hay multitud de comentarios en la web, que si es bueno, que si es malo, que si da lo mismo... El caso es que no hay ningún estudio fidedigno.
Te comentaré que en mi experiencia, da igual leer en pantalla (retro iluminada o no) que en papel.
Yo utilizo desde hace un año un ipad para leer (si tengo tiempo, durante varias horas al día) y también un kindle, y me da lo mismo leer en uno u otro. La ventaja del ipad es que puedes leer a oscuras (por ejemplo en la cama, sin necesidad de dar la luz) y en el ebook has de tener la luz.
Nunca noto que me canse más o menos por ser pantalla retroiluminada, papel o tinta electrónica. Ni creo que realmente sea ni bueno ni malo para los ojos, leer en papel o en pantalla.
He usado anteriormente una PDA (digamos que un ipad del tamaño de un móvil) y durante años no se me ha cansado la vista más que si leo en papel, ni noto nada extraño.
Como recomendación: He tenido ocasión de probar un kindle paperwhite, y me ha gustado mucho. Con luz natural tiene más contraste que la tinta electrónica normal, y de noche puedes leer a oscuras. Es una muy buena opción.
El ipad permite muchos más usos, pero pesa más y te dura menos la batería (a mi no me llega a durar una semana frente al mes del kindle).