Duplicación de registros en SQL-Server

Me encuentro con el siguiente problema: En el trabajo nos encargaron hacer una web en sqlserver 2005 con php y un servidor windows, y nos dieron la base de datos hecha ya y que tenia datos introducidos mediante una aplicación en Visual basic.
El código php es correcto, pero a lo mejor a la hora de cargar una página, si hay un código por ej:
INSERT INTO tabla1
INSERT INTO tabla2
A veces hace eso, pero a veces inserta 2 o 3 veces en la tabla1 y pasa de la 2, o al revés, o como le dé por ahí, parece aleatorio, incluso a veces lo hace bien ¿? Es absurdo!, es un caos, lo se! XD en el código php no hay ni un bucle ni un if, y lo hace con todas las tablas, incluso hay tablas que no he utilizado yo para hacer esa web, y ya he visto que con la aplicación en VB ya les sucedía.
Creo que debe ser algo de como está diseñada esa Base de Datos, ya que yo no la ha he diseñado, consta de unas 50 tablas. Tiene muchas relaciones del tipo índices Foreign Key y un diseño bastante complejo. Llevamos meses ya con ese problema, (la BD está hecha un cromo por cierto) y ya he mirado en google, antes de que me digáis nada xDD
Si se te ocurre algo te estaré muy agradecido :)

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Te respondo a tu pregunta, esto es algo que podrías hacer, se me ocurre ahora ya que nunca me ha pasado, ¿quieres decir que este problema ya existía cunado se ingresaban datos en con VB verdad? ; Bueno lo único que puedes hacer es la reingeniería de la base de datos, es decir volver a analizar la data, ya que siempre trae muchos problemas cuando una tabla tiene demasiadas llaves foráneas, ¿ahora si el código de la tabla que ingresas es autogenerado o tu mismo lo ingresas? ; Pero por ahora te recomiendo que estudies bien tu base de datos para que puedas hacer un buen proyecto, y otra cosa por que no trabajas tu servidor PHP en linux y migras tu sql2005 a mysql y creas un servidor de mysql en linux, te evitarías creo que muchos problemas .

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