Autónomo quiere vernder por internet ( IRPF PAYPAL )

Soy autónomo, trabajo como diseñador por internet.
Estoy empezando y me he encontrado con muchas dudas sobre el cobro y creación de facturas cuando la venta es por internet, todo porque soy autónomo.
Me explico:
Hasta ahora sé que si vendo a particulares, en la factura no debo incluir el descuento del IRPF. Si debo incluir el IVA.
Si vendo a empresas o autónomos, si debo incluir el descuento IRPF e incluir el IVA.
Bien, ahora si uso PayPal para vender, ¿qué precio debo poner?, no hay una casilla para poner IRPF, sí la hay para el impuesto. Vaya lío si debo crear dos botones uno para empresas y otro para particulares, además que no se si debería poner el precio ya descontado el irpf y sumado el IVA, con lo cual dejaría a cero la casilla de impuesto de PayPal, y tampoco sé que validez legal tiene la factura que envía PayPal, y ¿qué pasa si no pongo impuestos en la casilla de PayPal?.
Si los clientes pagan con tarjeta de crédito por PayPal, se pide el nombre del titular, datos del titular, etc.. ¿debo considerarlo como un particular aunque sea una tarjeta de empresa?
El problema siendo autónomo es tener que poner el descuento IRPF cuando es una venta a empresas, ¿o poniendo el nombre del titular se considera ya como particular y no empresa? Bueno esto no me vale porque tengo que enviar factura a la empresa, con lo que todo cambia.
He preguntado a asesores, a PayPal (sigo esperando respuesta) y hasta ahora no me explico que hacen los autónomos cuando quieren vender por internet y tienen que tener en cuenta el IRPF en sus facturas cuando cobran a empresas, y cuando no lo tienen en cuenta cuando es a particulares (Hablamos de cobrar por PayPal)
En PayPal se quedaron sorprendidos, aún espero que me contesten.
Los asesores, pues de comercio por internet no tienen mucha idea.